防止食用菌菌种退化的主要方法有：
首先，每个菇种都要经常进行菌种选育，选育出新的优良品种，以提高品种的生长势和抵抗力。菌种选育的主要方法有组织分离、杂交育种、诱变育种、原生质融合等方法，其中采用比较多的方法是组织分离和杂交育种的方法。
其次，选育的菌种要经过出菇试验，证明确实优良时再大面积应用。
第三，你应用的菌种每年要经过组织分离，以提高菌种的生活力。
最后，试管母种繁殖转接的代数不要过多，一般转接2-3代。转接代数过多，食用菌菌种容易退化。如果发现菌种退化，应该停止使用，而改用新的优良食用菌品种。
