太空椒在花芽分化或开花时遇上了连阴雨雪天，棚室温度低，花芽分化不良、受精不良，或者是本来花器就没有发育完全，最终导致畸形果的出现。但对畸形果没有好的直接解决办法，若出现了畸形也就无法挽回了。建议菜农及时检查坐住的太空椒果实，发现畸形果立即摘除，避免其过多消耗养分。
预防畸形果的主要方法如下：
1、要注意控制温度。太空椒花期应注意避免大棚内的气温及地温过低，影响开花授粉坐果，尽可能将棚室温度白天控制25℃-28℃，夜间控制在13℃-18℃，为花器的发育创造有利环境条件。
2、要注意补肥。植株体内缺乏硼肥会导致开花坐果不良，容易出现畸形果，因此要在开花前后注意喷洒含有硼的叶面肥，如硼砂等。
同时，太空椒进入结果期后，需求钾肥量加大，因而在施肥时一定要增加钾肥的使用，避免因钾肥供应不足出现畸形果。
3、注意控制植株长势。到了春季随着气温的升高，植株营养生长容易出现过旺，营养生长过剩，则生殖生长不足，易出现畸形果。若植株营养生长过旺，在合理调控棚室温湿度的前提下，可喷施助壮素750倍或矮壮素1500倍进行控制。
