一、韭菜迟眼蕈蚊具有趋肥性的特点，在使用有机肥时一定要充分腐熟。化肥施用不要过量，尤其是氮肥，施用过多会造成韭菜徒长，降低植株抗性。韭菜迟眼蕈蚊发生时不要使用硝酸铵和粪稀作追肥，否则易为其提供更好栖息环境，加重虫害，而深施碳酸氢铵作底肥，对幼虫有一定的腐蚀和熏蒸作用。
二、在无土栽培时，淹水能杀灭基质中韭菜迟眼蕈蚊的幼虫，水培甚至可以完全消除其危害，水培以淹水8小时为最佳时间；沙培时淹水16小时为最佳时间，且对韭菜的品质和生物学性状无明显影响。研究还发现，沙培时随着干燥厚度的增加，韭菜迟眼蕈蚊幼虫的数量明显减少，干燥厚度为6厘米时韭菜迟眼蕈蚊数量最少，且对韭菜的生物学性状和品质无影响，而土壤栽培以表层干燥4厘米为最佳厚度。
三、不同韭菜栽培品种对韭菜迟眼蕈蚊的抗性存在一定的差异，如豫韭1号和9-2品种。
四、利用成虫的趋光性，利用灯光诱杀成虫，在韭菜田或温室内设置普通日光灯，灯下挖一坑，坑内储水或放一装有水的水盆，可以诱杀韭蛆成虫。
