真菌病害在植物病害种类中约占80%以上，蔬菜被真菌侵染所致的病害相当严重。真菌可以直接由表皮侵入寄主，也可从伤口或自然口侵入，病菌多在病残体、种子、土壤、留种植株或温室蔬菜上越冬，主要借风雨传播落在蔬菜上，遇适宜条件便可寄主危害。
1、霜霉类病害：霜霉类病害是蔬菜最主要的一类病害，在瓜类、葱类、莴笋、菠菜以及白菜、甘蓝、萝卜等十字花科蔬菜上普遍发生。其中：黄瓜霜霉病、大白菜霜霉病、菠菜霜霉病、莴笋霜霉病、大葱霜霉病，都是这些蔬菜危害最重的病害。药剂防治：初期发病及时用药防治。药剂可以选用瑞毒霉、乙磷铝、代森锰锌、加瑞农、杀毒矾、普力克、甲霜灵锰锌、甲霜铜喷雾。保护地还可用百清烟剂或喷百菌清。
2、疫病类病害：疫病类病害是一类发病迅速，流行强，毁灭性大的病害，故称之为“疫病”。如：茄果类、瓜类、葱类、韭菜等都有疫病发生。其中：辣椒疫病、黄瓜疫病、韭菜疫病，都是发生普遍，危害严重的病害。药剂防治：发病前或见中心病株用药剂防治，药剂可选用乙磷铝、甲霜灵、杀毒矾、甲霜灵锰锌、百菌清、克露瑞毒铜、倍得利喷雾。
3、灰霉类病害：灰霉类病害是蔬菜一类重要病害，几乎所有种类蔬菜都会发生灰霉病。如番茄、茄子、辣椒、黄瓜、韭菜、芹菜的灰霉病，都是当前保护地生产中最严重的病害。药剂防治：田间初见发病后立即用药防治。药剂可选用多菌灵、苯菌灵、速克灵、扑海因、农利灵、利得可、多霉灵、武夷霉素喷雾。也可用速可灵烟剂或灰霉烟剂熏烟。
4、根腐类病害：根腐类病害是蔬菜成苗和定植不久菜苗常见的病害，成株期也能发病。多种蔬菜都有根腐病发生，尤以瓜类、茄果类、豆类蔬菜根腐病分布广，发生普遍，危害严重。药剂防治：发病初期及时用药防治，药剂可选用多菌灵、甲基托布津、双效灵、敌克松、多硫悬浮剂、可杀得喷洒菜株基部和地表面，也可灌根。
