蓝莓的根系没有根毛。正因如此，蓝莓根系的吸收能力比具有根毛的根系小得多。其吸收面积只有同样大小具有根毛的小麦根系的1/10。蓝莓的根系细，呈纤维状，细根在分枝前直径为50～75um。
值得注意的是，几乎所有蓝莓的细根都有内生菌根真菌的寄生，从而克服蓝莓根系由于没有根毛造成的对水分及养分的吸收困难。近年来，众多的研究已证明，菌根真菌的寄生对蓝莓生长是有益的。
矮丛蓝莓根系的主要部分是根状茎。据估计，矮丛蓝莓大约85%的茎组织为根状茎。不定芽在根状茎上萌发，并形成枝条。根状茎一般为单轴形式，直径3～6mm。根状茎分枝频繁，在地表下6～25mm深的土层内形成紧密(穿插)的网状结构。新发生的根状茎一般为粉红色，而老根状茎为暗棕色并且木栓化。矮丛蓝莓的根系分布在上层中的有机质层。
