西红柿苗定植后，在高温高湿的逆境中，植株幼嫩的表皮抗性较差，因此，容易出现茎基部和根部病害。对此，除了改善环境以外，提早用药预防很关键。
沤根
地温过高、湿度过大、土壤通透性差，容易出现高温伤根的情形。根系受伤后，自身功能下降，营养吸收不足，地上部植株会表现出生长缓慢、黄头的情况。再者，若不能及时干预，根系的伤口还会成为致病菌侵染的入口。
划锄能有效改善土壤通透性，降低沤根的发生概率。同时，菜农也可以随水冲施微生物菌剂，来改善土壤的微生态环境，补充土壤有益菌数量。当然，在根系受伤明显时，还需采取药剂灌根的办法，预防根部病害的发生。
猝倒病
该病在西红柿定植后易高发，茎基部呈坏死状，菜农俗称“腰烂”。发病初期，植株茎基部及茎秆中间先发病，病部呈水浸状，随后引起幼苗倒伏，湿度大时病部会生出稀疏的白色霉层。
预防时，菜农可选用氟吡菌胺·霜霉威盐酸盐+恶霉灵+生根剂，喷淋茎基部，能起到良好的预防和防治效果；但对于发病较重的植株，还应及早更换幼苗，并加强管理，尽可能地保证苗齐苗壮。
立枯病
该病发生时，茎基部出现黑褐色病斑，绕茎一周后，会引起幼苗枯死。与猝倒病的明显区别是立枯病不倒伏。
预防时，菜农可选择丙森锌、恶霉灵等药剂，喷淋茎秆。同样，对于发病中后期的植株，也要及早更换。
根结线虫
对于根结线虫多发的棚室，即使定植前经历了高温闷棚处理，定植后，菜农还应做好预防工作。此期选药、用药的关键在于安全。
实践表明，苗期使用药剂防治根结线虫，若使用不当，常会发生烧苗、熏叶的情况。那么，菜农首先要注意选择安全性高的药剂，其次要注意用量，再是根据药剂的持效期，合理安排用药间隔。如选用氟吡菌酰胺100毫升，随水冲施或滴灌均可，对幼苗安全，还可有效预防根结线虫。
