韭菜茎分为根茎、鳞茎和花茎。
1、茎盘
一二年生的茎短缩呈盘装，称茎盘。长在地下，1~2年生时呈扁圆盘状，其顶端着生叶鞘，周围着生根系，顶端部位是韭菜新根、新叶的分生组织。随着韭菜年龄的增长和逐年分蘖，营养茎形成杈状分枝，称为“根状茎”。“根状茎”的茎盘基部着生须根，上部形成小球状的鳞茎。鳞茎外面有干枯的叶鞘形成纤维状的鳞片。鳞茎的组织坚硬，可贮藏养分。随着株龄的增加和逐年分蘖，营养茎不断向上延伸，并呈杈状分枝，成为根状茎。
2、根茎
韭菜根状茎的生活年限为2~3年，平均每年以1.4~1.57厘米的速度向地表延伸，多年生韭菜老龄根状茎逐渐衰老而解体。根状茎不但是分生组织，而且也是韭菜植株贮藏养分的重要器官。其大小，肥壮程度是取得韭青、韭黄、韭薹、韭种高产的决定性因素。尤其对冬春保护地栽培的韭菜，其对寒冷的抗性，长势的强弱，质量的高低，具有更重要的作用，故韭菜水肥管理和病虫防治应围绕着如何增大和肥壮鳞茎狠下功夫。
3、花茎
花茎又叫韭薹，是植株顶芽通过感受低温和长日照条件发育而成。花茎高约30？40厘米，顶端生有总苞，苞内有花器官。鲜嫩时的花茎是韭菜重要的产品，其风味鲜美，可作为一种高档蔬菜出售。目前专门有一类薹韭品种，其抽薹时间持续很长，抽薹数量和产量都比较多，可形成较高产值。
注意：韭菜抽蔓、开花、结实消耗养分多，影响植株生长和养分积累，如果不是吃韭苔和收种子应及早摘除。
