芹菜的采种方法有大株采种法和小株采种法两种。
大株采种法也叫成株采种法或老根采种法。冬季商品芹菜采收前，在秋种芹菜地选择能代表本品种典型特征的优良单株作为留种株，去杂去劣。小量留种时也可将选择的优良单株移栽到留种地；初春再进行选择，即淘汰先期抽苔、不耐寒及感病的植株。开花后要注意浇水、施肥。芹菜花期长，种子成熟期不一致，为保证种子质量，最好分期分批采收。一般每亩留种地可生产种子75～100千克。采用大株采种法时，能对植株的商品性状以及耐寒性等进行选择，在一定程序上可以防止品种劣变退化。所以此方法较适用于地方芹菜良种的提纯复壮。
小株采种法当年播种、采收种子或冬前培育小苗，翌春定植留种地，然后让其抽苔开花结实，再采种。此法虽然采种成本小，但对种株不能进行严格选择，连年使用易造成品种退化，因此多用于优良新品种刚开始推广时繁殖生产用种。小株采种法掌握适当的播种期是关键。一般在2月下旬左右直播于露地。若播种太迟，幼苗不能通过低温春化阶段，种株不能顺利抽苔开花；但若播种过早，幼苗很小即通过春化阶段，抽苔开花，营养生长期太短，积累的养分少，从而造成种子产量低下。采用小株采种法采种时，因植株较小，抽苔后种株分枝力不强，所以定值密度较大株采种时要密一些，通常穴行距为20厘米×50厘米，每穴栽2～3株。其他栽培管理技术以及种子的采收方法和大株采种法相同。
