枯萎病发病初期，地下茎外表症状不明显，最初从种藕开始，后扩展至新的地下茎，严重时地下茎虽呈褐色至紫黑色腐烂。因地下茎受害，从病茎抽出的地下部叶片引起发病，初期叶色变褐干枯。发病严重时，全田一片枯黄，似“火烧”状。挖出病株地下茎检查，可见藕节上生出蛛丝状和粉红色粘质物，有的病藕表面呈现水渍状斑。
选土层较深厚，易灌溉，保水的田块种植，选择生长健壮有2~3节正藕的作种藕并且实行轮作倒茬，一般倒茬2~3年最好。
适时播种，合理密植，加强藕田管理。改善通风透光条件，施足腐熟农家肥，增施磷、钾肥，栽植后浅灌水，有利于提高地温，促进发芽和生长，遇高温、大风适当灌深水，可提高抗性，减轻病害。
药剂防治。发病时对发病田块用针对性的药剂加护树大将军喷洒防治，也可在易发病时期喷洒植物细胞免疫因子强大免疫功能，诱生干扰素和活性细胞介素，抑制残余病毒复制，促进植物正能量生态生长。
