可作西瓜砧木的材料有野生西瓜、葫芦、瓠瓜、南瓜、冬瓜等。这些材料各有优缺点。从亲和性上看野生西瓜、葫芦、瓠瓜较好。它们的嫁接成活率高，很少发生共生不亲和株，未发现与西瓜不亲和的品种，表现了稳定的亲和性。南瓜的共生亲和力在种类和品种上存在很大差别，只有少数几个品种表现不错，但仍出现嫁接不亲和株。从抗病性上看，南瓜砧木抗瓜类枯萎病的能力最强，用它作砧木防止西瓜枯萎病发生是没问题的。葫芦、冬瓜等的稳定抗病性不如南瓜。从对西瓜品质的影响上看，以葫芦、瓠瓜砧较好，嫁接后西瓜品质稳定。南瓜砧的西瓜钙、镁含量较高，但粗纤维也较高，致使瓜瓤较硬，瓜皮较厚。综上所述，西瓜嫁接栽培以南瓜砧木的亲和性较差，对西瓜品质有一定影响，但抗病性、耐寒力和长势均优于其他砧木；葫芦、瓠瓜的亲和力强，西瓜品质稳定，但抗病性稍差，应注意选择抗病品种；冬瓜砧抗旱性强，但低温下根系生长差，推迟生育期，故应用较少。
