对根腐病较重的甜瓜大棚，特别是种植甜瓜5年以上的棚，应与非瓜类蔬菜实行3年以上轮作。施用充分腐熟的基肥，精细整地，采用高畦栽培。防止大水漫灌，有条件的建议使用滴灌。注意防治地下害虫。发病后及时松土，增强土壤透气性。化学防治要掌握用药时机和用药部位，做到提前预防。应于定植前蘸根，先蘸根后定植，可用高效杀菌剂适乐时1000倍液+普利登鱼蛋白300倍液蘸根+根施通；对当前正在发生根腐病的甜瓜棚，应减少浇水，连续灌根1~2次。灌根时要特别掌握药剂足量和用药的部位。最好在根部先用竹竿扎眼，再灌根，防止药液流失。药剂可选用精甲·咯菌腈1500倍液+普利登鱼蛋白500倍液+根施通，每棵灌药液300ml；也可灌50%多菌灵可湿性粉剂500倍液，或45%特克多悬浮剂1000倍液，或25%敌力脱乳油1500倍液，同时加入普利登鱼蛋白500倍液，每株浇灌药液300ml，7天后再灌一次，效果较好。
