1、选择耐低温、弱光性强、果实高桩形、皮厚、心室数变化较小的品种；避免选用果实扁平、皮薄、心室变化较大易发生畸形果的品种。
2、加强温度管理。幼苗花芽分化期，尤其是2—5片真叶展开期，即第一、二花序上的花芽发育阶段，正处于低夜温诱发畸形果发生的敏感期，应确保这一时期的夜温不低于12℃，一般夜温控制在12—16℃，白天温度25—28℃，以利于花芽分化。定植后，白天温度保持在25—28℃，夜晚16—20℃。定植时间不宜过早，一般要在最低地温持续高于10℃以上时再定植。定植过早，温度忽高忽低，或夜温过低，温差过大，皆可阻碍根系正常吸收硼、钙，易产生畸形果，同时也容易产生裂果。
3、加强水肥管理。避免苗期营养过剩，每10平方米的苗床施70—80kg优质土杂肥，0.4—0.5kg复合肥即可。如果苗期氮素营养过多，特别是在低温条件下，植物生长受到抑制，使输送和储藏到花芽的养分增多，细胞分裂旺盛，形成更多的心室，从而形成较多的畸形果。
育苗期间，避免土壤过干过湿，在适宜的温度条件下，土壤过干会导致幼苗生长缓慢，花芽处积累大量物质，使子房心室数增加，而在低温条件下过湿可能会影响幼苗对钙的吸收，两者皆可导致畸形果的大量发生。因此，在低温季节育苗，应尽量减少浇水量，而在适温或高温的条件下育苗，应尽量多浇水。
4、定植时浇足、浇透定植水，缓苗后浇一遍小水，开花坐果前，再浇一遍小水，第一穗果鸡蛋大小时，再浇坐果水，以后保持不干不湿，避免灌水过多。定植后采取配方施肥技术，避免偏施、过施氮肥，适量增施磷、钾肥。适时喷施宝多收、叶面宝、光合微肥、0.5％尿素＋0.3％磷酸二氢钾等叶面肥或含硼、钙的复合微肥。
5、定植后，为促进坐果，要对番茄的花进行激素处理，处理时要掌握正确的方法，尤其要注意处理第一花序的药剂浓度。由于环境原因，第一穗果畸形果发生率高，且第一花序耐药性差，因此，在适宜的温度下，应使用低浓度药液蘸花，蘸花应在晴天上午10点以前或下午15点以后，植株无露水，棚内温度为18—20℃时进行。不能重复蘸花。花蕾和未完全开放的花不能蘸。蘸花后，要及时增加肥、水，以保证果实正常生长发育。
