龙眼树整形的主干高度，因地区、品种、繁殖方法而有差异。通常离地面高40～60厘米。主干上留4～5个主枝。主枝的分布要均匀，着生角度多为45°～70°。主枝自然延伸，以后在主枝上再留副主枝、侧枝，使树冠形成圆头形。这些主枝、副主枝、侧枝构成了树冠的骨架，故又称为骨干枝。
龙眼树骨干枝和树冠的培养，要在幼树期进行。整形的时期应在定植后第二年春梢未萌发前进行，以后每年再进行轻度修剪。修剪时，剪去纤弱枝、密生枝、荫蔽枝、病虫枝等。对于生长过于旺盛的，也可短截，以促进分枝。
龙眼幼树的修剪，宜轻不宜重，宜少不宜多；对于可剪可不剪的枝条，应暂时保留，将其作为辅养枝，待以后酌情处理。注意树冠生长平衡。对于幼年树抽生出的花穗，应及早摘除，以利于促进丰产树冠的形成。
成年龙眼树的修剪，应围绕保持健壮树势和培养优良结果母枝进行，尽量做到留枝不废、废枝不留。春季在疏折花穗时结合修剪，疏删过密枝、衰老枝、病虫枝、杂乱枝。对细弱、不充实的春梢也可剪除，以促进夏梢的抽生。夏季修剪多在6～7月份进行，剪除落花落果的空穗或结果少的弱穗、疏删过密枝和病虫枝，促进秋梢的萌发。因此时夏梢已抽生，要抓紧“整芽”，即将基枝上抽生过多的夏梢疏剪。原则上每一根基枝保留2枝新梢，基枝小的留1枝新梢，基枝粗的留3条新梢，其余的均应删除，这样可使养分集中，培养出强壮的夏梢，使其成为翌年优良的结果母枝。秋季修剪可待秋梢生长充实后，再一次“整芽”，并剪去枯枝、荫蔽枝、病虫枝等。冬季要控制冬芽萌发。
