一、建立棉花无病良种繁育基地，实行严格的产地检疫。目前棉花生产的种子正在逐步实行统一供种，这样可以保证棉花种子质量，防治种子的多、乱、杂，实行一地一种，达到种子的合理布局。在种子基地实行严格的产地检疫，可简化检疫程序，有效地控制棉花枯萎病和黄萎病的传播危害。
二、种植抗病品种。种植抗病品种，是利用棉花品种自身遗传抗病性和耐害补偿功能，控制棉花枯萎病和黄萎病的发生、发展和为害的一个重要途径。在当前的棉花生产中可算是最经济有效，而又切实可行的防治措施。
三、采取合理的轮作倒茬。轮作可以减少土壤中的病原菌，降低苗期发病率，并有利于棉苗的生长。在有水旱轮作条件的地区，实行稻棉轮作防病效果更好。此外，棉种棉饼消毒、用无菌土育苗移栽、年年清洁棉田等措施，也可减轻病害的发生和为害。
四、重视发展棉麦间作和夏播短季棉。利用生态条件控制棉花枯萎病和黄萎病发展为害。棉花枯萎病在气温23—26℃条件下发病严重，但当温度高达26℃以上，则症状隐蔽，病势趋于缓和。黄萎病发病对温度的要求略高于枯萎病，气温在26—28℃时，发病严重，而温度高达28℃以上时，则发病缓慢或停止。棉麦间作或种植抗病品种，能控制棉田枯萎病和黄萎病发生和危害。
