在切好种薯后，离播种还有3～4个月的时间。因此，必须对种薯进行安全贮藏。扁山药一般都在室外贮藏，也可挖窖贮藏。一般窖宽1米、窖深15厘米，可摆薯块两层，先摆好一层，铺上一层2～3厘米厚的土再摆第二层，摆好第二层后上面盖土30厘米厚。也可挖成窄窖，即窖宽50～60厘米，窖深12～20厘米，可以摆3层，摆法同上面一样。土壤轻松干燥的地方，可采用后一种贮藏窖；土质黏重的地方，可选用前一种贮藏窖。此外，要严格掌握种薯贮藏的温度，过高时会在贮藏期间出现萌动的现象。
隔层贮藏，主要是防止病虫害传染。在我国扁山药栽培地区，用挖窖贮藏法，可将种薯贮藏到4月份播种期。在贮藏中，应注意防止种薯干燥，维持适温和适湿，干燥时可用塑料薄膜包裹种薯。
