黑木耳菌丝发菌缓慢、纤弱，不能迅速占领培养料，最后会烂棒，导致栽培失败。主要原因有：菌种生活力差，接种后吃料慢，生长纤弱;培养温度过低，造成菌丝萌发慢或不萌发;养菌期间受高温影响，当菌丝生长到全袋的1/3以上时，菌丝新陈代谢旺盛，袋内产生过多热量，袋温超过30℃，菌丝内细胞质受高温影响，细胞壁涨破，细胞中营养液流出，吐黄水，菌袋颜色淡黄、灰暗，再持续高温，菌丝萎缩死亡，就是常说的“烧菌”。“烧菌”现象是指发菌期间菌袋温度过高，导致菌丝退化、自溶的现象。由于大部分菇农都是利用现有的民房改造成养菌室的，没有专门的通风窗口，并且都想利用有限的空间多生产一些菌袋，往往将菌袋码放的层数过多，摆放的非常紧密，导致养菌室内空间小，通风不良，特别是当菌丝长到总量的1/3左右时，由于菌丝量增多会造成氧气供应不足，菌丝生长缓慢，甚至停止生长;还会因为呼吸作用增强，产生大量的生物热散发不出去，使菌袋温度升高产生伤热、“烧菌”现象。
出现这种“烧菌”的情况，应更换生活力强的优良菌种;适温养菌，使温度控制在22-25℃，低于22℃应加温养菌，但要严格控制养菌前期温度不超过30℃，后期不超过25℃，可通过打开门窗、疏袋等方式通风、降温、散热。
