盆栽柠檬如管理不当，往往只开花、不结果或少结果，甚至不开花。要让盆栽柠檬年年开花、结果，必须在水、肥、修剪等环节进行科学的管理，才能达到果实累累的目的。管理的几个主要环节如下：
合理修剪--盆栽柠檬修剪的原因有二，一是盆小、土少，提供的养分有限，不能满足柠檬生长的需求，必须进行修剪；二是，通过整形修剪，调节树体内营养的合理分配，使有限的养分集中供给芽、叶，形成更多的结果枝，从而达到花果满枝。
花前“扣水”--为防止夏梢生长过旺，同时树体要积累养分、促进花蕾的形成，在处暑前对盆栽柠檬进行“扣水”。
保花保果--柠檬开花后，除每周施一次薄肥外，还须进行疏花、疏果。在花未开时先疏去一部分花蕾；花谢、坐果后，再疏去一些位置不当的幼果，目的是减少消耗养分。其次，在柠檬上喷施壮果蒂灵，增粗果蒂，加大营养输送量。
合理施肥--柠檬喜肥，平时应多施薄肥。柠檬生长期间，可在盆面撒一些饼肥，使每次浇水都有一些肥料渗入土中，增强肥力。入秋后，施肥减少，避免植株营养过剩、促发秋梢，与果实争夺养分而造成落果。
盆栽柠檬在春梢萌发前，必须进行强度修剪，首先去除枯枝、病害枝、徒长枝、内向枝、交叉枝、萌生枝等。另外，在修剪口涂抹愈伤防腐膜防止水分蒸发和营养消耗。
