苹果霉心病的防治应采取生长期药剂防治和贮藏期控制贮藏条件相结合的方法。
一、生长期药剂防治1.花芽膨大至露红期用药。结合防治苹果白粉病等，可选择渗透性、治疗性较好的杀菌剂，如：30%苯醚甲环唑·丙环唑悬浮剂1000~1500倍液或430克/升戊唑醇悬浮剂2000~3000倍液，1.5%噻霉酮水乳剂500倍液，以铲除枝干、干枯枝上产生的病菌分生孢子。
2.初花期用药。选择对坐果无影响的杀菌剂喷施，以消灭花器上的病菌。如3%多抗霉素水剂400倍液，或4%农抗120水剂600~800倍液，80%代森锰锌可湿性粉剂700倍液。
3.幼果期用药。这是防治霉心病的关键时期，应在苹果落花后10天选择内吸性杀菌剂，结合防治苹果轮纹病、炭疽病，喷洒430克/升戊唑醇悬浮剂4000~5000倍液，或10%苯醚甲环唑水分散粒剂3000~4000倍液，70%乙磷铝·锰锌可湿性粉剂1000倍液。
二、采收后防治对那些硬度差、果面缺乏光泽的果实，应剔除掉，杜绝入库。有条件者，可先在10℃~15℃的库内短期预贮，剔除发病果后，再放入气调冷库中贮藏。
