水稻颖枯病在长江流域各稻区均有发生，一般危害不太严重，但在个别年份和个别地区可能造成严重损失，发病轻的可使结实率下降10%、千粒重降低0.6-1克、稻谷减产5-8%，严重的减产幅度可达20%以上。
水稻颖枯病病菌只侵害颖花和谷粒，尚未发现侵害其他部位和组织，在水稻抽穗后2-3周危害幼颖较重。病初在颖壳顶端或侧面出现淡褐色小斑，逐渐发展为边缘不清晰的椭圆斑后，病斑融合为不规则大斑，扩展到谷粒大部或全部，病斑中央色泽变浅，最后变为枯白色，严重的变成白穗，上面生有许多小黑点，即病菌分生孢子器。谷粒受害早的花器被毁或形成秕谷；乳熟后受害，米粒变小，质地变得松脆，品质下降；接近成熟时受害，仅在谷粒上有褐色小点，对产量影响不大。
水稻颖枯病病菌以分生孢子器在稻谷上越冬，次年释放出分生孢子，借风雨传播，水稻抽穗后侵害花器和幼颖。水稻抽穗扬花期遇暴风雨。稻穗相互磨擦造成伤口，有利于病菌侵入。氮肥施用过量、施用过迟，植株贪青，成熟延迟，增加侵染机会。一般倒伏田地面温湿度高，有利于病菌孢子发芽侵入，病粒增多。冷浸田易发病。
防治水稻颖枯病主要应采取以下措施：一是进行种子消毒，消毒方法与防治稻瘟病相同。二是及早处理病秕谷，将带病秕谷高温堆制或烧作灰肥，杀灭病菌。三是加强肥水管理，避免偏施和迟施氮肥，增施磷钾肥；适时适度露晒田，使植株转色正常，增强根系活力，防止倒伏；改造冷浸田。四是在抽穗前后结合防治稻瘟病喷药保护。发生过该病的老病田，应在始穗期和齐穗期各喷一次药，必要时在灌浆乳熟前加喷一次。另外，还应在抽穗前风雨到来前或后喷药一次，减轻发病。田间发病后，应选用稻瘟灵等对病害有治疗作用的药剂，不宜选用三环唑等保护性药剂；也可以喷施30%氢氧化铜悬浮剂600倍液或77%可杀得悬浮剂800倍液。
