纹枯病防治的重点在防，其次是治，一般待发病后在防治效果就不甚理想，所以要坚持早防原则，一般采取两种预防措施：
一是拌种，3%苯醚甲环唑（敌委丹）40毫升+2.5%咯菌腈（适乐时）20毫升，或6%戊唑醇（立克秀）10毫升，加水300~500毫升，拌麦种10~15公斤，拌种后要堆闷6~12小时。晾干播种，可兼治小麦全蚀病、根腐病、锈病、白粉病。
二是喷药防治：第一次在11月下旬或12月上旬，此时纹枯病已在小麦分蘖节开始发病，正是防治的最佳时期，每亩可用20%三唑酮50克或12.5%的烯唑醇25~30克，加水40~50公斤喷施；第二次于翌年2月中下旬，用上述药量针对小麦基部再喷一次。
