莲藕采收过早影响产量，采收过迟品质下降，因此，应根据苗情的早迟和食用的需要来确定采收期。①花香藕。刚长成形的藕称为花香藕，也叫嫩藕，这种藕的淀粉含量极低，具有鲜嫩甜脆的风味特点。花香藕的脚层叶黄绿色，中层叶深绿色，上叶均已定型，整体中没有新叶出现时即可采收，时间在9月上旬为好，但此时采收影响产量，只宜少采收。②中秋藕。中秋藕可在中秋节前后采收，此时全田脚层叶枯萎，中层叶色黄，上层叶色呈黄绿色。采收中秋藕主要是为了供应人们中秋节和国庆节的需求。③红锈藕和白锈藕。红锈藕一般在10月中旬采收，因这时藕表有铁锈色而得名，此时藕内的淀粉含量较多，可作熟食或加工成藕粉。到了10月底藕身退红转白，称为白锈藕，此时的藕淀粉含量丰富，适于加工和食用，同时可贮存到翌年开春以后。
在采收莲藕的前两周放干水，采收时要寻找终止叶。此叶生长在藕节中段，叶片平展角度小，大多属半展开，叶柄细长，叶片向前倾，叶片扒迟枯萎，霜降到立冬后，叶片虽已全枯萎，但比其他叶柄的弹性更好。找到终止叶柄后，可根据终止叶与后栋叶之间的距离来估量藕的深浅。采收时用脚铲沿着叶柄下踏至泥底，先采收上层的藕，然后再采收下层的藕。其操作方法是将藕身下面的泥土扒开，用右手抓住藕的后把，以防断裂，使泥浆灌入孔隙，影响食用效果。采收的藕不要忙着清洗，待出售前再洗，这样可减少变色，提高藕的新鲜品质。
若要留种，应选生长良好的黏土藕塘，将藕塘四周近2米远的藕采完，田中间每隔2米留30厘米不采收，或将藕前两段采收，留最后一节作明年的种藕。由于种藕要在田间越冬，因此田间要保持一定的薄水，不能干燥，以免土壤受冻开裂，冻坏种藕。如不能经常维持浅水，宜用稻草覆盖防寒。明年栽藕前挖出种藕，随挖、随选、随栽。
