分苗一方面能够节约种子和前期育苗床面积，有利于管理，使幼苗容易保持适当的温度、湿度和光照条件，减少病虫害的发生。另一方面分苗扩大了植株间的距离，使幼苗有足够的空间继续发展茎叶，有较大的苗床发展根系。
此外，分苗对苦瓜幼苗还有很多积极作用。在起苗时，主根被切断能够促进萌生更多的侧根和须根，使根系发达并主要集中在主干附近的土壤中，在定植挖苗时可减少根系损伤率，促进定植缓苗。通过分苗和以后的搬苗、囤苗，还能调整幼苗在苗床中的位置，防止徒长和生长过缓，有利于培养整齐的壮苗。
当然，分苗也有一定负面作用。一方面这个环节增加了用工和管理，另一方面分苗使幼苗生长暂时停顿，延长了育苗时间。因此，苦瓜一般只进行一次分苗。
总之，分苗的优点相对较多，因此是苦瓜育苗中的一项主要措施。
苦瓜苗子叶展平到第一片真叶吐心，为分苗的适宜时期。分苗时应选在晴天进行，如果光照过强，可适当进行遮阳降温。为防止分苗后遇上灾害性天气影响缓苗，应提前收听中长期天气预报。取子苗时应尽量少伤根和茎叶，取苗后应抖掉宿土，选健康、整齐一致的进行移栽，便于分苗后的管理。取苗时一次不宜过多，以防止幼苗萎蔫。
移栽分为地苗开沟抹苗法和盆钵移栽法等。地苗开沟抹苗法，为在育苗床上按10厘米行距开小沟，沟深3-5厘米，每开好一条沟，沟内用水壶浇小水，然后按10厘米株距顺序摆放苦瓜子苗，要使根系舒展并全部落入沟中，每摆放完一排后及时用土封沟，然后继续开下一条沟，并完成浇水、封土整个程序，直至整畦移栽结束，注意使整个苗畦平整，以利于今后管理。盆钵移栽法是把子苗移栽入营养钵或纸袋等容器中，要求不能装土太满，移栽时用手把钵中央插出定植孔，深2-3厘米，把子苗栽入孔中，用周边的土封严，要避免根系露出土外。
