施基肥，根用芥菜在种植前施入足量的有机肥，可用农家肥或堆沤过的城市垃圾，然后加入草木灰和过磷酸钙。具体用量，视土壤肥力而定，遍撒于地面，然后耕翻入土，耙平作畦。
追肥，根用芥菜当幼苗的子叶展开后进行第一次追肥，粪水比为1：7的稀粪尿施用。第一次间苗后，中耕除草时追第二次肥，用比例为1：5的粪尿水施用。定苗后，植株生长迅速，需要充足的肥水，进行第三次追肥，施硫酸铵。进入莲座期后，为促进肉质根膨大，追第四次肥，用尿素和硫酸钾。当进入肉质根膨大盛期，追加第五次肥，用氮、磷、钾复合肥提高高产。
喷叶面肥，叶面喷硼肥可起增产作用。进入幼苗期，叶面喷施硼砂+植物电子肥加速新陈代谢频率，激活植物营养疏导系统产生超越肥效。在生育初期可喷钼酸铵水溶液，也可每周叶面喷施1次过磷酸钙+地果壮蒂灵增产效果明显。
