首先选择无病优质壮苗栽培，最好选择健康无病的试管苗作为种植材料为佳。
其次香蕉定植后必须定期检查，一旦发现病株及早连根挖除、带出园外销毁，以减少园间病菌侵染源。挖除病株前需先全园喷施杀虫剂加新高脂膜灭杀蚜虫，以减少病菌传播途径。病株挖除后需将植穴及周围土壤翻起洒施石灰，暴晒半个月后在补植新苗。
再次加强园间土肥水管理、合理供水施肥，均衡施用氮、磷、钾，避免偏施氮肥，以提高植株抗性和免疫力、降低束顶病为害几率。
另外对于初发现束顶病为害的植株可使用针对性药剂从顶心慢慢往下滴灌注入蕉杆，防治效果较好。配合全园喷涂护树将军可在香蕉树表面迅速形成一层荧光保护膜、具有窒息性杀菌、防止病毒复制和感染。
