一、常见病害
1.细菌性病害
子实体污染现象：菌盖上的病斑呈圆形、椭圆形或不规则形。病斑外圈颜色较深，呈深褐色。潮湿时，中央灰白色，有乳白色粘液。菌杆、菌盖全部变黑褐色，质软，有粘液，最后整朵菇腐烂。
子实体防治：出菇期间，菇房内温度控制在15℃以下。避开春季高温、高湿的影响。要及早治虫。发病初期，用漂白粉或漂白粉精兑水喷雾，或用浓度为40－50mg/l的链霉素液喷雾，可抑制病原细菌的扩展。
菌种污染现象：菌种制作时，常发现以麦粒及粪草为基质的菌种瓶（袋）外壁局部出现“湿斑”。和淡黄色的粘液（菌落）。打开棉塞有一股难闻的气味，类似有机物腐烂的腥臭味。这种现象大多是细菌污染。这些细菌多属于芽孢杆菌类。
菌种污染原因：细菌污染的主要原因是灭菌不彻底、放气不足造成假压，灭菌时间过短等，都能造成灭菌不彻底而引起细菌性污染。灭菌后冷却速度过快，也会引起残存抗热性细菌的增殖而导致污染。
2.子实体真菌性病害
①、发生与危害：在菇床上产生白色棉毛状菌丝，迅速蔓延扩大，及至遍及整个菇床。后期，白色菌丝变成红色或水红色。被棉毛状菌丝包围的子实体变成褐色，最后腐烂。
②、防治：采用二次发酵，加强通风，或喷800－1000倍多菌灵、1000倍甲基托布津药液；此外，搞好环境卫生，彻底消除病菇，对控制该病的发生与蔓延也是有效的。
3．料内真菌性病害
a、曲霉类:污染现象：常在棉花塞和瓶颈交接处或培养基面上出现曲霉的污染斑，用放大镜可看到一丛丛黄色、土黄色、褐色、烟色、黑色成丛簇的色斑。
污染原因：菌种瓶填料后没有马一清洗或清洗不干净，为杂菌孳生提供场所，使用劣质、短绒棉花做棉塞，灭菌过程棉花塞受潮，加上棉花塞制作过于松散，有利于曲霉孢子顺着棉塞和瓶壁之间侵入；棉塞经过高压灭菌后部分脱脂，在梅雨季节空气相对湿度高，棉塞吸潮，在菌种扩接时，如果瓶口没有经过认真检查及火焰消毒，棉塞一打开，曲霉分生孢子就会随接种操作过程产生的气流带入待接的培养基内，造成污染。
b、青霉类：污染现象：青霉同样是一种常见的污染菌。在28－32℃高温高湿条件下，青霉分生孢子在1－2天就萌发成菌丝。菌丝体初期白色，繁殖迅速，很快出现蓝绿色粉状分生孢子，星点状散布在培养基的表面，或形成菌斑。
污染原因：同曲霉
c、木霉类:
污染现象：菌落生长迅速，棉絮状或致密丛束状。菌落表面颜色有不同程度的绿色，有浅绿，黄绿、绿色或深蓝绿色。
污染原因：同曲霉。此外，培养料预湿不足，灭菌时间不够，培养料颗粒内所附带的杂菌未被全杀部死，接种后数天，瓶壁或袋壁出现细小水珠，几天后突然爆发形成绿色木霉分生孢子。
d、酵母菌
污染现象：一级种斜面试管出现粘稠状圆形菌落。在麦粒二级种或三级种培养基中也常会出现。常见种有酵母菌，红酵母菌，橙色红酵母菌等。
污染原因：灭菌不彻底。
e、链孢霉
污染现象：初期从棉塞上长出须状的白色菌丝，垂下直到培养基面上。菌丝很快变成橘黄色，绒毛状，随后透过棉塞出现馒头形，
长出分生孢子梗及成串分生孢子，橘黄色或橘红色，这种链孢霉能杀死食用菌菌丝，引起菌瓶发热，发酵生醇，因此很容易从菌种室内嗅到酒味。
长出分生孢子梗及成串分生孢子，橘黄色或橘红色，这种链孢霉能杀死食用菌菌丝，引起菌瓶发热，发酵生醇，因此很容易从菌种室内嗅到酒味。
