目前防治美洲斑潜蝇效果最好的药剂是生物农药阿维菌素类（爱福订害极灭、虫螨克等），其次是沙蚕毒素类（杀虫单、杀虫双、巴丹等）、有机磷类的毒死蜱、农地乐以及拟除虫菊酯类的功夫、高效氯氰菊酯、甲氰菊酯等，其它如蝇蛆净、灭蝇胺等亦有较好的防效。
阿维菌素类农药对美洲斑潜蝇成虫的取食和产卵有显著的忌避作用，对幼虫有很强的杀伤力，且持效期长，与其它农药相比对美洲斑潜蝇寄生蜂的杀伤力最小（黄居昌等，1999），因此，阿维菌素类农药及其复配制剂已成为我国目前防治美洲斑潜蝇的首选药剂。沙蚕毒素类农药效果也很好，但持效期短。菊酯类农药对成虫的效果比幼虫的好，而且持效期也短。因此，在成虫大量发生时，可考虑用菊酯类农药防治。生产上为防止和延缓抗性的形成，应注意各类农药轮换使用。
在美洲斑潜蝇发生较重时期，利用阿维菌素、绿菜宝、蝇螟净、乐齐、蝇杀等10种农药防治大田中的美洲斑潜蝇。结果表明，60%的蝇螟净800倍和阿维菌素2000倍防效较好，施药1d后的校正死亡率分别为86.87%和82.24%，而80%蝇杀和1%环宝乳油相对效果较差。利用高脂膜、1.7%印楝乳油对美洲斑潜蝇的室内试验表明，30倍高脂膜能最佳抑制其取食，喷药5d后拒食率可达78.95%，也能有效抑制其产卵，拒产卵率可达72.41%，产出的卵经高脂膜处理后，孵化率降为30.19%，而1.7%印楝乳油对美洲斑潜蝇的拒产卵率、拒食率、抑制孵化率效果不明显。
