1、预防。对油菜根肿病的防治，要先从栽培管理入手，从源头上杜绝或减少油菜田的病菌数量，营造有利于油菜生长而不利于病原生长的环境。方法：不从病区调用油菜种子；与其他非十字花科作物，最好是与水稻轮作，重病田进行4-5年的轮作，可以有效减轻病害；建好油菜田排水设施，深沟窄畦，清沟防渍，降低土壤湿度；避免在低洼积水地块或酸性土壤上种油菜；可使用粉煤灰复合肥，改良土壤。选择无此病的田块育苗，以防病菌传播。油菜收获后应将病残株烧毁或堆肥。注意：堆肥一定要经过腐熟后才能在油菜田使用。采取以上措施，可降低很多发病机会，但并非就不再发病。
2、治理。当田间出现少量的根肿病植株后，需要及时拔除病株，并在病穴里面撒生石灰进行土壤消毒。如果病株较多，还可以用50%多菌灵可湿性粉剂500倍液灌根，每株灌250毫升；或者用40%五氯硝基苯粉剂500倍液灌根，每株400-500毫升，也能够有效控制病情。
