小麦病毒病的防治方法有以下三种：
1、选育和利用抗病品种，虽然目前没有黄矮病和丛矮病免疫品种，但品种之间抗病毒病有差异。另一方面，病毒不易检测，虫传范围又广，采取其它应急的防治措施比较困难。因此在综合防治中，选用抗耐病品种是一项基本措施尤为重要。
2、农业栽培措施：清除田间杂草，许多杂草是飞虱、叶弹、蚜虫的宿主，也是小麦病毒病的毒源，清除田边、渠旁杂草也有防病效果。另外要及时灌水、平衡施肥等。
3、化学防治：由于苗期和秋季侵染所造成的损失远大于春季侵染，应注意拌种措施和喷药措施相结合。（1）灭虫防治：吡哆啉、灭蚜松播前拌种；生长期间喷雾防治，主要有抗蚜威，锐劲特和菊酯类药物；（2）喷吗啉胍，增抗剂、病毒啉等新型药剂。
