油菜菌核病是油菜的重要病害，在我国分布十分广泛，尤其在长江流域以及南方经常发生，一般年份发生10%到30%，严重的达到80%，损失十分严重。
油菜菌核病是由一种真菌引起，它可发生在油菜生长的各个时期，但以开花后最为严重。苗期发病造成幼苗腐烂、死亡或生长不良；成株期叶片表现大而不规则的叶斑和落叶，茎秆发病形成棱形、长条形或绕茎大斑。遇潮湿天气，病部呈湿腐状，长出白色棉絮状菌丝，称“白秆”或“霉秆”。果荚受害也呈湿腐状。潮湿环境下从病部产生大量的白色棉絮状菌丝和后期形成黑色类似老鼠粪的菌核是菌核病的两个重要特征。
病菌以菌核在土壤、种子和冬油菜病株中越冬。菌核在干燥条件下可以存活4～10年，但在30℃水中30天就会腐烂，越冬菌核在2～3月开始形成子囊盘，陆续产生大量的子囊孢子。这个时期正好是油菜最容易感病的开花期，再遇到多雨的天气，病害就可能流行成灾。为此，实行轮作，特别是水旱轮作；不连作和不与白菜、萝卜等十字花科蔬菜轮作是首要的防治措施。
另外，病菌本身的寄生性较弱，只能从伤口或自然孔口侵染并且只侵染老、黄叶和花瓣、花药。据调查，花瓣带菌率可以高达90%以上，落花也就成为十分重要的传染方式。因此要综合采用农业措施防病和喷洒药剂控病等两方面的技术。
具有防病功效的农业措施包括：合理施肥，均衡施用氮磷钾肥，增施硼、锰、锌等微肥，稳施薹肥，不使用未腐熟有机肥；种植抗病品种，一般是芥菜型比较抗病；开沟排水，减少渍害和合理密植降低田间湿度；及时清除老叶、黄叶、病叶，深埋或沤肥，减少病菌。
药剂防治可使用40%菌核净可湿性粉剂1000倍液或50%腐霉利可湿性粉剂每亩50克，或50%异菌脲可湿性粉剂每亩100克兑水喷雾。也有报道咪鲜胺、氯啶菌酯、啶酰菌胺等新的药剂和一些复配药剂如25%多·酮可湿性粉剂、福·菌核可湿性粉剂等具有良好的防治效果，可轮换使用。建议在油菜盛花期第一次用药，间隔7～10天第2次喷药。
