莲藕的花，称荷花、莲花等。着生于地下茎的部分节位上，与立叶并生，而位子立叶背面。花单生，较大，花冠由多瓣组成颜色有白、红、粉红等；花冠有单瓣、重瓣，因品种而异。两性花，有倒圆锥形的大花托，雄蕊多数，围生于花托基部四周。雌蕊柱头顶生，心皮多数、散生，分别嵌于大花托内。主鞭上第6~7开始到后把叶为止，共着生3~4朵莲花，只有发育强壮的莲鞭才能着生莲花。早熟或发育不良的莲鞭一般无花。
莲藕早熟品种一般少花。中、晚熟品种，在发育良好的主鞭上，从抽生第一花的鞭节开始至抽生后把叶的鞭节止，或间隔数节抽生花。莲藕开花与否及多少，与品种及外界环境有关。种藕粗壮开花多，种藕小，节数少，即使为有花品种，有时也较少开花；天气高温、干旱各鞭节可连续开花开花多，水深、土温低开花少。花着生于花梗顶端。花梗与叶柄并生于同一节上，叶柄在前，花梗在后。
荷花常单生，观赏品种有2朵并生的，称之为“并蒂莲”。花由花萼、花冠、雄蕊群、雌蕊群、花托及花梗6部分组成。花萼位于花被的外围；花冠由花瓣组成，花瓣的大小、形状、数量及颜色，因品种的不同而有差异，花瓣的颜色有白色、红色、淡红色等；雄蕊群环生于花托基部的四周，雄蕊由花丝、花药及附属物3部分组成；雌蕊柱头顶生，花柱极短，子房上位，心皮多数，散生，分别嵌在大花托内。荷花于清晨开放，下午闭合，开闭3～4天后调谢，花瓣散落，留下倒圆锥形的大花托，即“莲蓬”。
当莲花盛开时，标志着莲藕已进入生长旺盛期，“莲子”成熟时，新藕也同时形成。莲花是莲藕生殖器官，它的生长到种子成熟需消耗大量养分。生产中常采用人工去蕾来提高莲藕产量。
