根据芝麻需肥较多，而生育期又较短的特点，应重施底肥。底肥一般用腐熟的堆厩肥，人畜粪和饼肥等有机肥为好，根据肥料质量、土壤供肥能力和产量水平等确定合理的用肥量。一般每公顷施农家肥22500-30000千克、磷肥225-300千克、草木灰750千克或钾肥75千克，播种后施人畜粪水22500千克左右。芝麻是浅根系作物，大约90%的根量分布在9.9-16.5厘米土层内。
因此，底肥应浅施。整地时，均匀撒施有机肥，然后浅犁，也可在犁后耙前撒施有机肥。底肥数量不足时，也可将肥料先施在窝内或条播沟内，然后播种或移栽。
