近几年来，甜瓜十分易发生枯萎病，其发病高峰期都在植株开花至坐果期，因此要及时的防治，可采用杀菌剂来防治。发病初期，植株叶片从基部向顶端逐渐萎蔫，中午尤其明显，早晚尚可恢复，数日后植株全部叶片萎蔫下垂，不再恢复。茎蔓基部稍缢缩，表皮粗糙，常有纵裂。病部在潮湿时，根茎部呈水渍状腐烂，表面常产生白色或粉红色霉状物。有的病株根褐色，易拔起，皮层与木质部易剥离，其维管束变褐色。苗期至成熟期都可发病，苗期造成子叶或全株萎蔫，茎基部变褐缢缩，呈猝倒状。其防治措施有：
1、选用抗病品种：一般薄皮甜瓜比厚皮甜瓜抗病。
2、与非瓜类作物实行5年以上轮作，最好是水旱轮作。
3、播种前种子消毒：1)浸种，用70%甲基托布津500倍液或50%多菌灵可湿性粉剂1000倍液浸种40分钟，捞出后用水冲洗干净，催芽，播种。(2)拌种，干种播种时，将种子用水浸后捞出，以种子重量的0.2%～0.3%的50%多菌灵粉剂拌种，然后再播种。
4、嫁接育苗：用南瓜、瓠瓜作砧木进行嫁接栽培。
5、加强栽培管理，增强植株抗病性。
6、药剂防治：重病田可穴施药土，药土的比例为1:100，在穴内下铺、上盖，然后覆土。可选择的药剂有70%甲基托布津、50%多菌灵等。田间发病初期可选用25%溶菌灵可湿性粉剂，或50%多菌灵可湿性粉剂500～800倍液在植株根部浇灌，每株灌药250毫升，每5～7天1次，连灌3次。用“绿享一号”、“绿享二号”、“绿享五号”进行土壤处理苗床每平方米1克对枯萎病防治效果较好。
