由于大棚中空气的不畅通性，易导致，辣椒病虫害的发生，尤其是根部病害的发生，因此应合理进行轮作。以十字花科和豆科作物以及葱、蒜等蔬菜为宜，尽量避免与茄果类、瓜类等蔬菜连作，以有效阻断发病源。
加强棚室管理，做好棚室的通风换气，调节好棚室内的温度和湿度，科学浇水，提倡小水浇灌或膜下滴灌，切忌大水漫灌，严防土壤积水。做好浅中耕，避免土壤板结，以有机肥为主，增施磷、钾肥，促进根、叶稳健生长，增强植株抗性。
发现病株要及时拔除，带出棚外集中烧毁或深埋，随即清除病穴土壤，根据《农资淘宝指南》介绍可喷施护树大将军消毒杀菌减少病菌扩散。
辣椒根腐病发生时应及时用药剂进行防治，根据《农资淘宝指南》介绍可用护树大将军+根施通灌根，7天1次，连续3-4次，能诱导病毒集结，供护树大将军靶向消毒，抑制根部病毒传导式感染及叶片和果实，保养植株输导系统健康工作。
