随着科技的发展和农业的进步，番茄的品种越来越丰富，番茄的品种包括六个番茄属的种，其中三个果实有色，另三个果实为绿色。
1.普通番茄（LycopersiconesculentumMill）
所有的普通番茄都是自交能孕和唯一可近亲交配的。野生樱桃番茄的柱头在开花时会伸出比花药圆锥体稍高一点，因此会有一小部分自然杂交。
普通番茄为一年生植物，有蔓性、半蔓性或直立性等：其叶片缺刻深浅不一，从光滑到有细毛茸。花序从单总状到复总状，花少数或多数，花有小、中、大各种类型，花萼短于或长于花冠，子房光滑或带确茸毛，柱头为圆柱形，果实有扁圆形。圆球形。球形和长圆形等不同形状，子房有少数或多数者，果色为火红。粉红。橙黄；深黄或淡黄、绿色、紫色等多种。
植物矮性的平均为50~80cm，高而蔓性的甚至有3m或更高的，不同品种的茎在幼苗期大多是直立的，至果实长大后通常因果实重量而多倒状。
果实有各种形状，萼洼有宽窄和深浅之别，果重一般重1~500g；单果中有种子40~400粒，种子呈心脏形，有毛，扁平。
⑴樱桃番茄（Var.cerasiformeAlef）
番茄的祖先是樱桃番茄（L.esculentumVar.cerasiforme），樱桃番茄是惟一在南美以外发现的野生番茄，樱桃番茄比其他普通番茄属的种能更好地适应热带潮湿的条件。现在的番茄品种与野生的樱桃番茄之间，有密切的亲缘关系。这两种类型很容易互相杂交。
植株生长强健，茎蔓性，体表被有细而短的黄色茸毛（长2.5mm）。叶大。缺刻深、裂片长、先端渐尖，间裂片为椭圆形、卵圆形或圆形。花序主要为单总状，或长或短，花数较少，主要由5花被组成，少数有6花被的。花萼与花瓣几乎等长。子房球形，柱头短或与雄蕊等长。果实为球形，有火红。深黄等颜色，子室为2，果实光滑或有毛茸，种子心脏形。有茸毛。
这一变种具有广泛的分布区：在墨西哥、中美洲。秘鲁等地均有分布。樱桃番茄果实味酸，广泛应用于罐头食品中，也可作为选育抗病品种的原始材料。
⑵梨形番茄（Var.pyriformeAlef）
植株生长中强，茎直立或蔓生，光滑或被有毛茸，叶中大到大。花序主要为单总状的。少数有强烈的分枝，花少数，偶有多数。花萼短于花瓣。花瓣渐尖到椭圆。子房长形，柱头短或与雄蕊等长，果实为2室，偶有3室的。果形指数为1.5~2.0，果色有红色、黄色。粉色等，心脏形，有茸毛。
梨形番茄与球形番茄杂交所得后代呈椭圆形、长圆形及卵圆形；与栽培品种杂交得到的后代变异很大，由此提供了很大的选择性，可以获得许多有价值的品种。
⑶李形番茄（Var.pruniforme）
植株生长中强，茎高130~150cm，叶中等大小，裂片缺刻深，花序单总状。较短，长8~10cm。花少，7朵左右，花中等大小，有5~6个花瓣，直径2cm，花柱长短与雄蕊相等。果实小形（长2.5~3.0cm，宽1.5~2.0cm），果形指数为1.5~2，子室2.果重15~20g，果色有红、黄、粉红色等，种子少。
⑷长圆形番茄（Var.elongatum）
植株生长中强，茎直立或蔓生，高为70cm，其上被有茸毛，叶中大到大，裂片卵形、全缘。花序有单总状，偶有复总状，花有多有少，通常具有7朵，花被5出，少数有6出者，萼片短于或长于花瓣，花柱等于或长于雄蕊；果实重30~50g，有火红、粉红及深黄等颜色。
该种为食用种，分布较广，具有很高的干物质含量。故为培育加工品种的良好原始材料。同时它对土壤要求不高，适应性较强。
⑸普通番茄（Var.vulgare）
植株生长强健，茎有蔓性、半蔓性或矮生性。分枝性有弱有强，体表有茸毛，叶片中大到大，具有不整形的缺刻。叶色从浅绿到深绿，叶边缘有钝锯齿到尖锯齿。花序有总状或复总状，花从少数到多数。果实有各种形状，各种颜色，大小不一，以及各种成熟期的品种，栽培品种大多数集中在这个变种内。
⑹大叶番茄（Var.grandifolium）
植株生长中强，叶系覆盖中等或稀少。茎具蔓生性。被有茸毛，叶大，有似马铃薯叶。所以又称其为薯叶番茄。叶的裂片为1~2对，全缘。间裂片及小裂片缺少。花序呈单总状或复总状。花中，小形，有5—7花被。果实有圆形、扁圆形及扁平形等多种，有的也有椭圆形者。子室从少数到多数。果色有火红。粉红或黄色等多种。
这一变种在栽培品种中为数不多，在经济栽培上井无特殊价值，仅根据叶形的特殊性，而列为一个变种。
⑺直立番茄（Var.valiudmBaily）
植株生长强健，呈矮性或中等高度，分枝性强，茎粗状呈直立，节间短，茎上有茸毛。叶柄短，叶色浓绿，皱褶明显。花序从单总状到复总状，花从少数到多数，花从小到大，有5~6花被。果实呈圆球形、扁圆形或扁平形，表面平滑或有菱形。主要有火红色和粉红色果实两种。
⑻细叶番茄（Lycopersiconpimpinellifolium（Jus1）Mill）
番茄属的有色果实野生种。在秘鲁海拔较低的地方很容易见到，它的野生种生长在秘鲁全国的海岸山谷地区，在秘鲁北部（南纬7°~8°）的海岸边就可以采集到细叶番茄。围绕着利马河，以及秘鲁最南端靠近智利边界处，也可收集到细叶番茄。
细叶番茄和普通番茄可以相互杂交，亲缘非常接近，这是惟一的野生种表现出与普通番茄的天然渐渗现象。这两种情况都说明了细叶番茄在栽培番茄的进化中起了重要作用，因为现在的品种与它有密切的亲缘关系，并且容易回交。细叶番茄在植物育种上是很有吸引力的种质资源。用细叶番茄为亲本培育出了抗镰刀菌枯萎病和抗细菌性斑点病的品种。
2.契斯曼尼番茄（LycopersiconcheesmaniiRiley）
契斯曼尼番茄是番茄届第三个果实有色的种，是惟一在加拉帕戈斯群岛上发现的，由于在地理上与大陆上的种完全分离，因此可判定是单独进化成的各种类型的契斯垒尼番茄都是自主能孕的，囚而只能是近亲繁殖。各个群体都很一致，自花受粉导致果实发育小（直径1cm），果实成熟时常为橙色。有些同型遗传小种色累含量少，果实成熟时为黄色或黄绿色。契斯曼尼番茄对于植物育种家没有提供育用的抗病基因，但契斯曼尼小番茄变种的—个有价值的特性是抗盐，从野生种的海岸群体中的许多基因，已经和驯化的普通番茄栽培种Walter进行了回交，使该种植物能在用70%的海水灌溉下生存和结果。
3.小花番茄（L.parviflorum）和奇美留斯基番茄（L.chmieleuskii）
这两个绿色果实的种的变异中心，处于秘鲁的南纬12°~14°，西经72°~74°。该地区为秘鲁的腹地，为比较孤立的地区，因此这两个种发现比较晚。小心番茄。奇美留斯基番茄为该地的分布重叠种。
现在可以用小花番茄与普通番茄进行杂交而不必克服什么种问障碍。遇到的问题是，有些小花番茄品系怎样接受普通番茄的花粉，但这仅反映了野生种的花在去雄技术上的困难。有几种小花番茄的生物型具有显性的脱叶基因，并有隐性的致死作用，它只有在和（普通）番茄杂交时才表现出来。这种基因在和其他奇美留斯基番茄远交时并不表现出来。
这两个种相和番茄属其他种的杂交。属于“番茄复合体”。虽然它的果实成熟时为灰绿色，但小花番茄‘minutum’这个种，比番茄属其他种更近似于绿色果的洗液番茄而不同于其他绿色果。奇美留斯基番茄和小花番茄在果实成熟时含糖量较高，奇美留斯基番茄（可溶性固形物为10~11%），和美国加州品种VF-145（可溶性固形物大约为5%）经过一系列的回交，育雏的品系含糖量明显增加，果实大小和颜色也是可接受的。
4.多毛番茄（LycopersiconhisutumHumbandBonpi）
为一年生或多年生，茎初期直立，而后因本身的重量而下垂。表面覆盖有长而黄色茸毛为其主要特征，因而称力多毛番茄。茸毛长为2.5~3.5mm。在茎及侧枝上长的茸毛中间还夹杂有短的黄色茸毛。
叶大，长20~30cm，宽10~12cm，呈狭长的椭圆形，基部带有不正形的托叶，叶柄短。间裂片很多，上有丛密的茸毛。花序为中等大小，长15cm，单式或为卷尾状，有茸毛。每一花序上有10~15朵花。花的基部带有成对的苞片，花萼小而短，萼片5枚。花瓣为黄色，一般为5枚，花药呈纺锤彤，径粗3~4mm，花柱与雄蕊几乎等长，柱头成球杆状。果实直径1.5~2.5cm，绿白色，有长的茸毛，种子暗褐色。顶端光滑。
多毛番茄是典型的高山原产植物，一股均在海拔2000~2500m以上的地方生长，在海拔1100m以下。则很少看到。它短日照植物。在18h的光照条件下，开花很弱，而在12h光照下虽然开花茂盛。但果实不能形成。它适于栽培在8~10h的光照下。
多毛番茄的果实化学成分（估算鲜重的百分率：干物质为10.1%，全糖为1.66%（包括单糖O.50%，双糖1.16%），酸为0.32%，Vc为5.7mg/100g。
这种果实化学成分的含量与其他种差别很小，有苦味，不能食用，但在果实中胡萝卜素的含量则高于栽培品种最高量的3~4倍。多毛番茄耐温度要求较低，能耐较长期的低温（0~3℃）甚至到-2℃不会冻坏。
Ⅱ秘鲁番茄复合体种
1.智利番茄（LycopersiconchilenseDun）
智利番茄有直立生长的习性，而三典型的秘鲁番茄则为匍匐生长。智利番茄的叶子具有11个或更多的裂片，秘鲁番茄则很少有这种情况。最后的
