一、用透明的塑料薄膜袋作营养杯而不要用有色的塑料薄膜，以利于随时观察根的生长情况和土壤干湿情况，及时调控茎叶生长和促进根系发育；营养杯适当大些，建议直径约为12-14厘米，高16-18厘米，排放时适当疏些；选用泥质土，装杯要摇实泥土，以防种植时松散泥头伤根。
二、要适当浅播。木瓜种子从发芽至长出土面，全靠种子的两片子叶供应养分，若播得深，苗长出土面的时间延长，所消耗的养分增多，长出的幼苗较高而瘦弱。因此，播种后盖土以刚好盖住种子、淋水后种子稍露出土面为好，这样种子一发芽便伸出两片子叶于土面，跟着长出真叶，有利于调控、培育矮壮苗。
三、做好“控上”“促下”和练苗。为控制木瓜苗地上部分（茎、叶）生长，促进地下部分（根系）生长，要控制水分、养分和温度。木瓜幼苗长出真叶后，不断有新叶发生，这时开始控制水分，促进根部深生，抑制茎叶节间伸长，泥土不过湿，以抓之成团为宜；施肥以磷钾为主，少施或不施氮肥；温度控制在30℃左右，保持充足光照。
