水稻以纯有机栽培，一定会发生病虫害。有效降低病虫害发生，有赖于精湛的栽培管理技术。
水稻最常发生的病虫害有稻纵卷叶虫、二化螟虫、稻热病、胡麻叶枯病、白叶枯病、纹枯病等。苏力菌对未进入叶鞘或茎内的二化螟虫和稻纵卷叶虫具有良好的防治效果。但是如果二化螟虫已进入叶鞘或茎内，则无防治效果，所以应在二化螟虫发生时期，进行连续性防治。稻热病是在水稻肥份吸收过量及土壤中硅（SiO2）含量太低的情况下发生，一般土壤中硅含量，应维持在15毫克/每1000克土以上，因此如果能够控制有机质肥料施用适中及补充土壤中充足的硅含量，可有效预防稻热病。胡麻叶枯病是在稻株缺肥及土壤中硅含量太低的情况下较容易发生，因此在水稻生长过程中，应避免水稻过度缺肥，土壤中亦应适量补充硅，可有效预防胡麻叶枯病。白叶枯病常发生在大风过后，因水稻叶磨擦造成伤口，病原菌感染伤口所致。土壤中有充足的硅含量及避免施用过量的氮素，均可有效降低白叶枯病的发生，当白叶枯病发生时，切记避免在清晨露水未干前进入稻田中，以减少人为传染病菌。纹枯病是在高温多湿的情况下较容易发生，纹枯病发生时应避免田间积水造成纹枯病发生的适宜条件，水稻亦应尽量宽行栽植，加强通风，长期施用有效微生物在土壤中，这样做可以产生拮抗作用，排除土壤中有害菌，亦可有效降低纹枯病的发生。
综上了解利用优良的田间栽培管理技术，可以有效控制病虫害严重发生。
