玉米小斑病是气流传播，多次浸染的病害，而且越冬菌源又很广泛，单用一种措施防治效果很不理想，同时在玉米小斑病发生区，常常还有玉米大斑病、锈病同时发生，因而在防治小斑病的同时，必须考虑兼治大斑病、锈病等病害。
1、选用抗病品种，选用高产优质兼抗的玉米杂交种，是防病增产的重要措施，各地应根据当地的气候条件、栽培条件和病害种类及流行程度，选用和推广适应当地的高产抗病的杂交种，以减轻小斑病的发生危害
2、改进栽培技术
（1）控制菌源注意彻底清除田间地头病株残体，并深翻土地。实行秸秆还田须充分腐熟以后施用。
（2）摘除底叶当玉米小斑病发病率70%，病叶率20%（即单住下部2-3叶发病）左右，摘除下部病叶，可以减少田间浸染菌源，减轻发病。
（3）增施肥料、加强管理加强田间管理及时中耕，可以增强植株的抵抗力，减轻危害。
3、药剂防治，可以用75%百菌清300倍液、75%甲基硫菌灵500倍液等一般在新叶末期到抽丝期喷施，每周一次，连续喷2-3次。
