由叶芽的生理和组织状态转化为花芽的生理和组织状态的过程，称为花芽分化。枇杷的花芽为混合芽，属夏秋连续分化型，一般在夏梢停止生长后，由结果母支的顶芽在当年8~9月间分化形成，花芽分化由未分化阶段、花序总轴原基出现、小花的分化与发育等阶段组成。前一半（总轴出现至分轴分化）是在芽内进行，后一半（分轴的延伸与小花的分化）在萌芽后进行，并且是边生长，边分化，以至开花。
枇杷树花芽的分化为生理分化和形态分化期。枇杷生理分化期较长。日本村松久雄等人从5~9月每个月进行一次遮光处理，阻止叶片光合作用，用来判断枇杷花芽生理分化期，结果表明，不同年分间有差异，有些年份5月开始遮光就有明显影响，有些年份8月才有明显影响，以6~7月之间影响最明显。
枇杷树花芽的形态分化期，因品种、枝梢类型和外界环境条件不同而有所差异。一般早熟品种分化早，夏季降温早的年份分化早，早夏梢比晚夏梢分化早，秋梢分化最迟。8月上旬花穗总轴原基开始出现，随后不断分化出苞片，8月中旬开始出现分轴原基，直至9月中旬。9月初开始小花分化，随着体积的增大，花萼和花瓣原基出现。9月中旬至10月中旬不断分化出雄蕊、雌蕊，10月中下旬开始进入开花期。
