藕的收获期，因品种及其用途和地区的不同而异，一般而言在长江流域，早熟藕莲品种在小暑时即可采收，但以在大暑至立秋这段时间收获为好，而在华南和华北地区采收期则相对提前和较为晚一些。在长江流域晚熟藕莲品种一般在白露至霜降这段时间收获。对于深水藕田（塘、荡等），由于地温下降慢，所以可推迟15～30天采收，以延长生长期，提高产量。对于藕能在土壤中安全越冬的地区，收获期则可延续到翌年春藕萌发之前，中间可根据市场行情随挖随售，直到春藕萌发之前全部刨完或留下部分作种。或者莲藕的采收可以按以下方式采收。
1、花香藕即刚长成型的藕，也叫嫩藕。这种藕的淀粉含量较低，具有鲜嫩甜脆的特点。在脚层叶黄绿色，中层叶深绿色，上层叶均已定型，整体中没有新叶出现时采收，以9月上旬为好。但此时采收会影响产量，只宜少采收。
2、中秋藕在中秋节前后采收，主要供应中秋节和国庆节市场。此时的脚层叶全部枯萎，中层叶色发黄，上层叶色呈黄绿色。
3、红锈藕和白锈藕红锈藕一般在10月中旬采收，因这时藕表面有铁锈色而得名。红锈藕内的淀粉含量较多，可作熟食用或加工成藕粉。到了10月底藕身转白，称为白锈藕，此时的藕淀粉含量丰富，除作加工和熟食用外，多余部分可贮存到翌年开春以后。如要留小藕作种，必须在10月底以后采收。
