（1）选用无病种子和种子消毒是防治该病的关键。
（2）播种前种子处理。温汤浸种用3份开水加1份凉水，按水量与棉籽重量比为2.5：1的比例放人棉种，水温保持在55-60℃浸泡0.5小时，捞出后晾干即可播种。该法只能杀死种子上的病菌，防治炭疽病、红腐病效果较好，防治立枯病等土传病害还要用药剂拌种。
（3）合理轮作，精细整地，改善土壤环境，提高播种质量。
（4）苗期发病可用20%稻脚青800倍液，或50%多菌灵800倍液，或70%甲基托布津1000倍液均匀喷雾；若将喷雾器喷头中的旋水片取出，对准根茎部喷浇，效果也很好。蕾铃期发病，用50%多菌灵800倍液，或70%代森锌800倍液均匀喷雾。发病初期喷洒50%醚菌酯（翠贝）干悬浮剂3000倍液或40%炭疽福美可湿性粉剂600---800倍液、25%咪酰胺（使百克）乳油1000倍液或20%氟硅唑咪鲜胺(高科)600倍液、50%甲羟鎓（灭菌星）可湿性粉剂1600倍液、或38%恶霜嘧铜菌酯800倍液(高科)、25%嘧菌酯（阿米西达）悬浮剂1500倍液、或56%嘧菌酯百菌清600-800倍液(高科)。
