（1）根：南瓜的根系在瓜类中是最强大的，包括主根、侧根、根毛三部分。种子发芽长出直根，入土可深达2米左右，一株根系总长可达20多千米。一级侧根有20余条，一般长50厘米左右，最长的可达140厘米，并可分出三级以上侧根，形成强大的根群。但主要根群分布在10—40厘米的耕层中。南瓜在播种后25—30天侧根分布的半径可达85—135厘米，播种后42天，直根深达75厘米，在地表以下45厘米的范围内，许多侧根向水平方向伸展，其长可达40—75厘米。正是由于南瓜具有如此强大的根系支撑，植株长势旺，抗病能力强，吸水吸肥能力都很强。
由于南瓜根系强大，对土壤要求不很严格，在旱田或瘠薄的土壤中均能正常生长发育，但以沙壤土或壤土生长最适宜，可得到优质产品。如果在含水量高的土壤中栽培时，果实含糖量有所下降。
（2）茎：南瓜的茎有蔓生和矮生，大部分品种为蔓生，其主蔓具有很强的分枝性，分化许多侧枝，一般蔓长3—5米，长的可达7—10米，少数品种为短缩的丛生茎。茎中空，具有不明显的棱，上生白色茸毛。
南瓜的匍匐茎节上易产生不定根，起固定枝蔓和辅助吸收水分的作用，在生产上可以利用这一特性，在栽培时采取压蔓方法，使南瓜根系吸收范围扩大。
由于其分枝性较强，栽培中需进行植株调整（整枝或摘心等）。南瓜的茎叶生长最为繁茂，除早熟品种在第7、8节结果外，一般都在主蔓上第16—18节开始着生第一个果。晚熟品种大都在20节以上才开始着生第一个果，但由于主蔓生长过旺，第一个果不容易坐住。侧蔓多在第7—8节就能着生第一个果。因此必须依据品种和栽培目的进行整蔓摘心。
（3）叶：叶互生，叶片肥大，色深绿或鲜绿，叶柄细长而中空，无托叶。叶片形状因品种不同而有很大不同，有掌状、五角等形状，叶面有柔毛，粗糙。沿着叶脉有白斑，白斑多少，大小及叶色浓淡因品种而异。叶腋处着生雌、雄花、侧枝及卷须。
（4）花：南瓜的花型较大，雌、雄花同株异花，异花授粉，虫媒花。雌花大于雄花，花色鲜黄色或黄色，筒状。雌花子房下位，柱头3裂，花梗粗，从子房的形态可以判断以后的瓜形。雄花比雌花数量多，出现早并先开放，有雄蕊5个，合生成喇叭状或漏斗状。南瓜的果实是由花托和子房发育而成的。南瓜花在夜间开始开放，早晨四五点钟盛开。短日照和较大昼夜温差，有利于雌花着生，降低节位，主茎上部侧蔓雌花着生节位低。
（5）果实：南瓜果实形状有扁圆、圆筒、梨形、瓢形、纺锤形等。瓜皮颜色也因品种而异，瓜皮颜色因品种而异，底色多为绿、灰或粉白色，间有浅灰、橘红斑纹或条纹。果实分外果皮、内果皮、胎座3部分。子房下位，一般为3—5个心室，以3心室居多，6行种子着生于胎座。也有的为4心室，着生8行种子。肉厚一般为3—5厘米，有的厚达9厘米以上。肉质致密。瓜梗硬，木质化，断面呈5棱，上有浅棱沟，与瓜连接处显著扩大，呈五角形的座。
（6）种子：南瓜种瓜成熟后，种粒饱满，籽皮硬化，种子形状扁平，边缘肥厚，颜色多为白色、淡黄色、淡褐色或黄褐色。南瓜种子由种皮、胚乳和胚三部分组成，千粒重125—300克。种子寿命5—6年。
