银杏树是深根性树种，喜欢深厚、肥沃而疏松的土壤。通过深翻既可以疏松土壤，改善土壤的理化性状，深翻后破坏原有土层，不但疏松了耕作层的土壤，而且使板结的心土和底土层也得到改善，孔隙度增加，毛细管状况改善。
深耕还可以改善土壤的营养状况，深翻后，土壤的空气和水分状况得到了改善，促进了土壤微生物的活动，特别是好气性微生物活动增强，加速了土壤有机质和矿物质肥料的分解和转化，提高了土壤肥力。
(1)时期
只要少伤害根系，土壤不结冻，全年都可以翻耕，但以秋季为佳。春季翻土，在银杏树发芽前半个月内，结合施有机肥进行。具有愈合快，生根也快的特点，—个多月能愈合，并发新根。
夏季翻土，可在根系生长高峰期前结合埋绿肥、施追肥进行，一般在雨季刚开始时进行，因雨季墒情好，降水可使土壤与根系迅速密接，又是在根旺盛生长之前，愈合快，新根生长快。
秋翻一般在采果后结合施基肥进行，此时土温尚高，根系还在生长，地上部分生长缓慢，营养物质开始回流积累，断根伤口容易愈合，还可发出新根，使残根得到一定的恢复，降低对根系的伤害，对下年春梢生长和开花结果十分有利。
冬季深翻，可冻死地下越冬害虫，且此时劳力、肥料均较容易安排，结合客土、施基肥、堆肥进行。
(2)方法
深翻改土应因地制宜，一般先在建园前深耕40～60cm，使园地土壤全面改良。由于劳力等原因，可在栽植后逐渐实现，主要是结合施肥。翻土的方法视树龄、栽植方式而定。
幼龄树采用扩穴改土的方法：在距离树干0.5m以外开环状沟，沟深、宽各0.3m左右，逐年向外扩大，使根系向外扩展、伸延。成年树园采用全园翻土或隔行翻土，可在树的东西行、南北行同时开条沟，也可第一年东西沟，第二年南北沟、轮换开沟;成年散生树可开环状沟或放射状沟。沟的位置距树干1m以外至树冠，沟深60cm左右，宽度不限。
挖沟时要用钉耙翻，伤根要小、要少，不要伤及粗根。土质粘重、瘠薄劣质、板结的土壤宜深;反之，砂壤土、肥力高的土壤宜浅些。挖沟时将表土、底土分别堆放，冬季翻的土不必敲碎，填沟时结合施肥，将表土掺和枯枝落叶、杂草、绿肥、厩肥等有机物，放在底层，底土放在上层。受涝渍的林地，可结合翻土晒根2～3天，其方法是用钉耙翻去表层土至见根为止，让太阳晒2～3天后，再施肥并另外加土，适当提高地势。
沙性大、砾石多或道路、场地等透气性差、严重板结的地方，除翻土外，还要结合客土，其方法：除去表层板结土，结合施肥换肥良土、河泥、旧墙土、草塘泥等，并尽可能埋入豆科、禾本料秸秆、绿肥、有机肥。粘重的土壤，翻后沉实快，改良效果不太好的，可通过掺适量的砂土或粉碎的煤渣煤灰，来改良土壤。反之，对砂性很重的砂土，通过掺人适量粘土，以改良土性，达到既增加透气性，又增加了保水保肥能力，促使根系生长。
