反季节胡萝卜主要病为软腐病和黑斑病。叶片上出现黄褐色斑点则表明植株可能染上软腐病，病情严重时其茎叶变黄枯萎，肉质根顶盖部首先变软，然后快速向肉质根的下部延伸。黑斑病初发的时候叶子边沿显出深褐色，逐渐发展为黑色，叶脉上出现黑色锈状物，叶子则上卷至枯死。
防治方法如下：
⑴采取垄栽的方式可以减轻病害，这一点前面已提到。
⑵秋冬晒土，秋作物收获后，将栽培地块翻成大土块，经风吹日晒至春播时再将这土块打碎搂平，这个过程可杀死病菌。
⑶增施钙、镁、锌等肥料(不可施用氮素化肥)。叶面喷洒注射用维生素b12，每亩2盒，3次即可。这样可增强胡萝卜的抵抗力，促进肉质根良好发育。
⑷喷洒高锰酸钾水或者菌必清溶液防治黑斑病，喷洒用于注射的氯霉素、庆大霉素、链霉素混合液防治胡萝卜软腐病效果很好。用药量要根据病情来确定，用药次数一般2次即可，间隔5-7天，为达到彻底杀菌的目的还可以再喷一次药，用药量即使大些也不会发生药害。
