①农业措施。播种前严格选种，清除褐斑粒。适时播种，使大豆在蚜虫盛发期前开花。苗期拔除病苗，及时防治蚜虫，加强田间管理，培育壮苗，提高品种抗病能力。
②选育推广抗病毒品种。由于大豆花叶病毒以种子传播为主且品种间抗病能力差异较大，又由于各地花叶病毒生理小种不一，同一品种种植在不同地区其抗病性也不同，因此，应在明确该地区花叶病毒的主要生理小种基础上选育和推广抗病品种。
③建立无病种子田。侵染大豆的病毒，很多是通过种子传播，因此，种植无病毒种子是最有效的防治途径之一。建立无毒种子田要注意两点：一是种子田四周100米范围内无病毒寄主植物，二是种子田出苗后要及时清除病株，开花前再拔除一次病株，经3～4年种植即可得到无毒源种子。一级种子的种传率低于0.1%，商品种子（大田用种）种传率低于1%。
④防治蚜虫。大豆病毒大多由蚜虫传播，大豆种子田用银膜覆盖或将银膜条间隔插在田间，起避蚜、驱蚜作用，田间发现蚜虫要及时用药剂防治。在迁飞前喷药效果最好，可选用50%抗蚜威可湿性粉剂10克，或2.5%溴氰菊酯乳油2000～4000倍液、10%吡虫啉可湿性粉剂2500倍液等叶面喷施防治。
⑤加强种子检疫。管理中国大豆分布广泛，播种季节各不相同，形成的病毒株有差异。品种交换及种子销售均可能引入非本地病毒或非本地的病毒株系，从而形成各种病毒或病毒株的交互感染，导致多病毒病流行。因此，需要种子管理部门和检疫部门严格把关。
⑥化学防治。在发病重的地区可在发病初期喷洒一些防治病毒病的药剂，以提高大豆植株的抗病性，如0.5%菇类蛋白质多糖300倍液、1.5%植病灵Ⅱ号乳油1000倍液、混合脂肪酸100倍液、5%菌毒清400倍液等喷雾防治，每隔10天喷1次，连喷2～3次。
