防治番茄灰叶斑病应当采用栽培措施与药剂防治并重的措施。包括：
(1)选用抗病品种。虽然目前虽有些抗黄花曲叶病毒病品种对灰叶斑的抗性较差，但并不存在抗病性的连带关系。应当使用兼抗上述两种病害的品种种植。
(2)实行轮作，与十字花科和葫芦科等非茄科作物轮作。
(3)加强田间管理，增施有机肥及磷钾肥，增强寄主抗病力。保护地有条件的尽量实行滴灌或膜下暗灌，加强通风，减少小气候湿度。
(4)收获后及时清除病残体，集中烧毁。
(5)发病初期喷洒75%百菌清可湿性粉剂600倍液，或40%克菌丹可湿性粉剂500倍液、77%氢氧化铜(可杀得)可湿性粉剂400～500倍液、80%代森锰锌(如大生、新万生)可湿性粉剂800倍液、50%混杀硫悬浮剂500倍液，隔10天左右1次，连续防治2～3次。
