茎枯病从棉苗后期到成株期均能发生，主要为害植株叶片和嫩梢。叶片染病，出现淡褐色病斑，近圆形、边缘紫红色，斑内可见一些小黑点。嫩梢及叶柄染病出现褐色梭形病斑，可引起嫩梢枯死，叶柄及叶片脱落。
防治措施：1.合理轮作倒茬，棉花种植前种子需用消毒剂脱毒处理，以杀死棉籽表面携带的病菌，减少田间茎枯病侵染源。2.合理密植，保持棉田良好的通风透光条件；并在幼苗出土后适时喷施新高脂膜以保护植株、隔离病菌侵染。3.棉花生长期间需做好水肥管理，施足基肥、增施有机肥，以培育健壮植株、提高棉花抗病性。适时中耕除草、清除染病枝叶，以有效减少田间病菌侵染源。4.茎枯病为害初期及时喷药防治，可使用针对性药剂与新高脂膜混合使用，以改造高毒农药为中毒，中毒农药为低毒，低毒农药为微毒。控制农药挥发飘逸，防小雨水冲刷，降低每亩用药量（减半），提高防治效果（多倍）。
