朝天椒既喜温、喜肥、喜水，又不耐高温、浓肥、忌涝，因此，加强田间管理十分必要。另外，在朝天椒生产过程中，病毒病、炭疽病、根腐病等病害的发病率比较高。必须贯彻“预防为主，综合防治”的植保方针，确保朝天椒丰产丰收。
朝天椒主要病害有病毒病、炭疽病、辣椒灰霉病、辣椒脐腐病等，可用椒病净600倍液，进行防治；辣椒病毒病，可用病毒神杀600倍液喷雾防治；辣椒根腐病，可用75%敌克松800倍液灌根。
炭疽病。高温多雨季节易发生，主要危害果实，初现水浸状黄褐色斑，边缘褐色，中央灰褐色，斑面有隆起的同心轮纹，往往由许多小点集成，小点有时为黑色，有时为橙红色，潮湿时，病斑表面溢出红色粘稠物，被害果实内部组织半软腐，易干缩，致病部呈膜状，有的破裂，严重影响产量和质量。除选用抗病品种、合理密植、轮作换茬等农业措施防治外，化学防治方法为：发病初期，喷施70%甲基托布津，多菌灵，新万生，80%炭疽福美或25%炭特录等杀菌剂，每7-10天1次，连续喷施2-3次。
