一、棚室消毒处理
前茬作物收后可用50%消菌灵(氯溴异氰尿酸)1000倍液，喷洒地面、墙壁、立柱等全面喷严、喷透。再将大棚密封，将棚内残存的真菌、细菌、病毒杀死，减轻病菌的危害。
二、种子消毒处理
辣椒病毒病主要通过种子带毒传播，作为初侵染源。在播种前可用磷酸三钠溶液浸种。先将种子放入清水中浸泡3-4小时再将种子捞出，放入10%磷酸三钠溶液中浸泡30-40分钟，将种子捞出用纱布包好，在清水中冲洗干净，晾干播种，这就成为无病毒种子。
三、土壤消毒处理
近几年来辣椒死棵现象比较严重。据调查造成死棵的主要病害有：疫病、根腐病、青枯病、枯萎病等。
1、育苗期：苗床用50%乙膦铝锰锌加30%DT(乙膦铝锰锌主治疫病，DT兼治根腐病、青枯病、枯萎病等)用药量按每平方米各10克的标准，加10倍的细干土拌匀撒于床面，划锄入土，搂平播种，培育无病壮苗。
2、定植期：先确定株行距刨好窝，再用50%乙膦铝锰锌加30%DT，按每千株各1斤的标准，加10倍的细干土拌匀撒入穴内，然后再栽植。只要做到苗床和定植时用药消毒处理，可以有效的防止死棵。
四、生长期主要病虫害防治
1、辣椒病毒病主要有花叶病毒病和条斑型病毒病。在发病初期可用菌毒清300倍液、植病灵500倍液、增抗剂200倍液、抗毒丰400倍液、病毒必克1000倍液、病毒A500倍液、硫酸铜1000倍液、硫酸锌1000倍液等选用以上2-3种复配使用效果较好。下午喷药，每5-7天一次连喷2-3次。
2、辣椒疫病主要表现在果实上，出现水浸状、暗褐色，遇到阴雨雪天气低温高湿发病严重。发病初期可用72%杜邦克露500倍液，72.2%普力克800倍液，58%瑞毒锰锌600倍液等叶面喷施。阴雨雪天气不宜喷雾，可用防治疫病的烟剂进行熏蒸。
3、辣椒灰霉病在深冬期低温高湿，发病严重，可用50%速克灵1000倍液，50%扑海因1000倍液，50%多霉灵1000倍液，40施佳乐1000倍液，40%百可得1500倍液等喷雾。遇到阴雨雪天气可用防治灰霉病的烟剂进行熏蒸。
4、辣椒细菌性叶斑病可用30%DT500倍液，77%可杀得500倍液，30%王铜500倍液，27%铜高尚500倍液，20%绿乳铜500倍液，5%克菌康600倍液，20%叶青双500倍液等喷雾。
5、茶黄螨主要危害顶部嫩叶，受害后，叶背面出现油光色，叶片皱缩不长。可用2%阿维菌素1000倍液喷洒顶部叶片背面，5天喷一次，连喷2-3次。
6、辣椒落花落果主要是低温造成，注意调控后棚内温度，保持白天上午棚温25-28度有利于开花授粉。28度以上开始通风散湿，夜间保持在15度左右。可用爱多收5000倍液喷雾，5-7天喷一次连喷2-3次。
