南瓜的花型较大，雌雄同株异花，异花授粉，借助昆虫传粉。雌花大于雄花，花色鲜黄或黄色，筒状。雌花子房下位，柱头三裂，花粉粒大，花梗粗，长短为分类特征之一，从子房的形态可以判断以后的瓜形。雄花比雌花的数量多，春季低温雌花发生早而雄花晚，秋季高温雌花发生晚而雄花早。雄花有雄蕊5个，合生成柱状，花粉粒大，花梗细长。花萼着生于子房上。花冠5裂，花瓣合生成喇叭状或漏斗状。南瓜花在夜间开放，早晨4~5点钟盛开，午后萎谢，花的大小与色泽因品种及种类不同而异。短日照和较大的昼夜温差有利于雌花形成，并可降低着生的节位，有利于早熟。主茎基部侧蔓雌花着生节位高，主茎上部侧蔓雌花着生节位低。
南瓜花亦蔬亦药。它清利湿热、消肿散瘀、抗癌防癌、治疗黄疸、痢疾、咳嗽、痈疽辅助作用及结膜炎、乳腺炎等诸多炎症辅助作用，且常作强身保健食品。实践证明，其花粉能消除疲劳，增强运动员斗志，使老年人重获青春活力，使儿童增长增智，使病弱者早日康复；对幼儿贫血、慢性便秘、大肠疾患、高血压、头痛、中风等病症有一定的辅助疗效，又能辅助调整神经状态，辅助改善失眠。所含芸香甙，还有促进血管、心脏功能、促进血凝，预防出血的辅助功能。
