果树根系的修剪和枝条的修剪几乎同等重要。因为果树的地上部分和地下部分是一个有机的整体，果树根系的生长状况直接影响到树冠的形状及结果性能。由于长年立于一地，生长在黑暗条件下，果树根系对土壤条件的变化反应相当敏感。通过调节水、肥、气、热和土壤强度等因素，可直接影响根系的生长、发育、吸收、代谢等生理机能，间接达到调控地上部的发育进程。
设施果树通过根系修剪调节，使树体营养生长削弱，树体矮化，短枝比例增加，花芽分化增多。树体中氮素营养水平下降，碳素营养水平提高，碳氮比适宜，有利于成花。果树设施栽培中，可较多地利用根系修剪技术，以利于控旺促花，安全越夏。
在正常情况下，果树根系修剪通常在春秋季进行。特别是秋季修剪更易于促发毛细根，也就是根毛，使肥料的吸收利用率更高。生产上大多是结合秋施基肥来进行根系修剪。秋施基肥过程中，通过局部断根，可使新根、有效根发生部位更集中，大大增加须根数量，对地上部树体营养供给起到极大的促进作用。专家试验证实，通过秋施基肥，断根再生和集中，能极大影响果树枝类组成发生变化，使中长枝比例减少，短枝比例增加，利于结果（特别是幼树能提早结果）；在短枝比率和质量明显提高的同时，树体内氮素营养水平下降，碳素营养水平提高，改善并提高了植株的碳、氮比值，更易诱导苹果花芽分化而利于成花。
根系修剪的时间以花期和新梢旺长期为宜，旺树可修剪两次，中庸偏旺树可修剪1次，弱树不能修剪。根系修剪后的效应一般持续30~45天，之后恢复根系建造。
根系修剪方法主要有两种：
1、物理修剪法：利用入工或机械等物理手段将根切断，尤其是切断垂直根和比较粗大的根，以达到修剪的目的。
2、化学修剪法：利用化学药品将根致死或抑制其生长，以实现修剪的目的。常用的化学药物主要是铜离子制剂，如硫酸铜、碳酸铜、环烷酸铜等。这些化学制剂既可用于抑制侧根，也可用于削弱直根。
不论哪种根系修剪法，都应根据限根栽培树龄、生育状况、生产目的等因素综合考虑，灵活掌握，切勿使用过限。否则，会产生负面影响，造成不应有的损失。
